Del palazzo Mocenigo è rimasta soltanto l'ala ovest, che -nel 1902- è diventata sede del Museo Nazionale Atestino, utile alla lettura della storia locale.

L'itinerario espositivo inizia al primo piano, con cinque sale che trattano di Este e agro atestino nella preistoria, quindi di abitati, necropoli e santuari in epoca protostorica e -infine- dei Veneti antichi al di fuori di Este.

Delle sei sale di piano terra, cinque sono dedicate al periodo romano -in tema di vita pubblica, necropoli e vita privata- mentre l'ultima raccoglie testimonianze di età medievale e moderna.